10 de julio de 2011
El Consorcio para el Secuenciamiento del Genoma de la Papa (PGSC), un equipo internacional de científicos, ha anunciado que ha dado a conocer el primer borrador de la secuencia del genoma de la papa. El PGSC empezó el trabajo en este proyecto hace tres años. El croquis resultante de cómo es que funciona la papa puede revolucionar los programas de mejoramiento.
La papa, un miembro clave de la familia Solanaceae, es un pariente cercano del tomate, la pimienta y la berenjena. Es el cultivo tercero más importante del mundo y considerado la verdura más importante. El acceso a la secuencia del genoma de la papa, el croquis genético, de cómo es que crece y se reproduce la papa se anticipa que ayudará a científicos especialistas en papa a mejorar el rendimiento, la calidad, el valor nutricional y la resistencia a enfermedades de las variedades de papa. Mejor aún, la secuencia del genoma de la papa permitirá a los mejoradores de papa reducir los 10 a 12 años que actualmente toma obtener nuevas variedades mejoradas.
El PGSC se inició en enero de 2006 por el Departamento de Mejoramiento de Plantas de Wageningen University. El grupo de investigación de Holanda desarrolló en un consorcio global de grupos de investigación de 14 países.
El genoma de la papa tiene 12 cromosomas y un estimado de 840 millones de pares de bases. Al inicio del proyecto, el PGSC utilizó un esquema de trabajo que le asignaba a cada miembro del consorcio una tarea basada en cromosomas y que estaba enfocada en la línea diploide RH89-039-16 (RH) de papa cultivada, Solanum tuberosum. Sin embargo, en los pasados dos años el advenimiento de nuevas técnicas de secuenciamiento condujo a un cambio significativo en el esquema de trabajo del PGSC y en el 2008, el consorcio inició el secuenciamiento de la línea monoploide doble DM1-3 516R44 (DM) de papa derivada de una raza diploide de papa para así simplificar y complementar el esfuerzo RH. En junio de 2009, los miembros del PGSC se reunieron en Carlow, Irlanda, para delinear las fases finales del proyecto.
Actualmente, el PGSC está ocupado finalizando los datos de secuencia de tanto RH como DM con el propósito final de obtener un borrador de alta calidad de ambas líneas de papa hacia finales del 2009. Actualmente la cobertura del genoma es mayor que 70X usando una combinación de datos generados por tres plataformas diferentes de secuenciamiento que incluyen dos de las Plataformas de Secuenciamiento Next Generation. El conjunto, que cubre el 95% de los genes de la papa fue posible gracias a un novedoso programa de cómputo desarrollado por el Instituto de Genómica de Beijing, uno de los miembros chinos del PGSC.
Este primer borrador del genoma está disponible en el dominio público en www.potatogenome.net y se harán actualizaciones durante los siguientes 6 meses a medida que se generen datos adicionales, incluyendo la anotación de los genes, un análisis de cuándo y dónde se encienden y apagan y el análisis de suites específicas de genes que sean críticas para la producción de papa.
La lista completa de miembros del PGSC y sus detalles de contacto se encuentra en www.potatogenome.net
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